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　九州防衛局熊本防衛支局は、馬毛島基地（仮称）建設事業に係る環境影響評価の手続きで、第一弾の方法書の縦覧を始めた。対象事業実施区域の面積は約７１８haで港湾施設（海域部分のみ）は約２１５ha。工事工程は全体としておおむね４年程度を想定し、早期の運用開始を目指し、最低限必要となる施設については先行して完成させることを目指す。現時点において、約１５０〜２００人程度が施設の管理・運営のため恒常的に勤務する。
　施設の概要は、自衛隊の訓練や災害発生等の一時的な集積・展開地として活用するほか、米軍による恒常的なＦＣＬＰ（陸上空母離着陸訓練）施設として活用。
　そのため、飛行場施設および関連施設として、滑走路、誘導路等のほか、駐機場、航空保安施設、格納庫、支援施設、貯蔵関連−などの施設を整備。また、港湾施設（係留や揚陸の各施設および仮設桟橋）を設置する。　メーンとなる、滑走路は長さ２４５０ｍの主滑走路と長さ１８３０ｍの横風用滑走路の２本を「く」の字型に配置。自衛隊の航空機を常時配置する計画はなく、航空機を使用した訓練は、連続離着陸や模擬艦艇発着艦艇発着艦、不整地着陸、機動展開、離着水、救難、ヘリコプター等からの展開、空挺降投下、災害対処訓練−などを予定。
　人員および物資等の輸送は、自衛隊の輸送機による定期的な運航（定期便）を週当たり数便想定している。
　上水道計画は、敷地内に降った雨水を新たに設置する貯水池に集水して主たる水源とすることを想定、汚水排水は浄化槽で処理する。
　同事業の環境影響評価手続きは、第２種事業に基づき行うため、方法書に続き、準備書、評価書と３段階で行う。